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국립수목원이 자리한 광릉숲은 조선조 제7대 세조대왕이 묻힌 광릉의 부속림 중 일부로 500여 년 이상 황실림으로 엄격하게 관리를 해오다 1911년 국유림 구분 조사시에 능묘 부속지를 제외한 지역을 “갑종요존예정임야”에 편입시켰는데, 이것이 오늘날의 광릉숲이 되었다.
1949년 10월 중앙임업시험장 직렬 광릉출장소로 숲을 관리하였으며, 1967년 1월에는 출장소가 임업시험장 중부지장으로 승격되었다.
그 후 1983년부터 1987년까지 수목원을 조성하고, 산림박물관을 건립하여, 1987년 4월 5일부터 일반인들에게 공개하기 시작하였다. 이후 1989년에는 산림욕장을 개장하였고, 이어서 1991년에는 산림동물원을 개원하여 산림에 대한 대국민 홍보에 지대한 역할을 하여 왔으나, 숲의 보존이 무엇보다도 큰 문제로 제기되면서 1997년부터는 산림욕장을 폐쇄하였으며 현재는 입장객 수와 입장일을 부분 제한하고 있다.
또한, 식물자원의 확보가 세계적인 관심사로 대두되면서, 이에 대처하기 위하여 1999년 5월 24일에는 임업연구원 중부임업시험장 수목원과를 산림청 국립수목원으로 신설, 개원하였다. 새로 신설된 국립수목원은 우리나라 산림생물종에 대한 조사·수집·분류 및 보전, 희귀 특산식물의 보전 및 복원, 국내외 유용식물자원의 탐사 및 이용기술의 개발을 하고 있다. 또한 전시원의 조성 및 관리, 산림생물종과 숲, 산림문화 등을 소재로 한 산림환경교육 서비스 제공, 산림문화 사료의 발굴 및 보전 등의 임무를 보다 활발하게 수행하고 있다.

2020's

  • 2021.05 숲이오래 키즈아카데미 개관
  • 2020.11 곤충스마트사육동 개관

2010's

  • 2019.10 종합연구동 준공
  • 2019.05 국립수목원 개원 20주년
  • 2017.01 책임운영기관 지정
  • 2016.10 DMZ자생식물원 개원(강원도 양구군 해안면)
  • 2014.03 유용식물증식센터 개원(경기도 양평군 용문면)
  • 2010.06 광릉숲 [유네스코 생물권보전지역] 등재

2000's

  • 2008.01 열대식물자원연구센터 준공
  • 2003.11 산림생물표본관 개관
  • 2001.03 [수목원 조성 및 진흥에 관한 법률]제정

1990's

  • 1999.05 국립수목원으로 개원(대통령령 제16350호)
  • 1997.06 광릉수목원 주말 휴원 및 주중 사전예약제 전면실시
  • 1997.05 광릉 숲 보전 종합대책 발표(국립수목원 설립방침 결정)
  • 1991.05 산림동물원 개원 / 수목원과 신설(대통령령 제13381호)

1980's

  • 1987.12 산림청 임업연구원 중부임업시험장으로 개칭(대통령령 제12291호)
  • 1987.04 일반인 개방
  • 1983~1987 수목원 조성 및 산림박물관 건립

1960's

  • 1967.01 산림청 임업시험장 중부지장으로 승격(대통령령 제2857호)
  • 1962.08 농촌진흥청 창설후 광릉출장소 부활(농림부령 제109호)
  • 1961.10 농사원 직제개편으로 광릉출장소 폐지

1950's

  • 1958.01 농사원 임업시험장 광릉출장소로 편입(대통령령 제 1274호)

1940's

  • 1949.10 중앙임업시험장 직할 광릉출장소로 출발(농림부령 제 8호)

1400's

  • 1468.06 조선조 제7대 세조대왕릉부속림으로 설정
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