DMZ는 한반도의 동서를 잇는 국토생태네트워크의 핵심벨트로 분단 이후 50여 년간 민간인의 접근이 통제ㆍ제한되어 왔기 때문에 그 어느 지역에서도 찾아 볼 수 없는 독특한 자연생태계를 형성하고 있다. 이 지역은 자연경관이 우수하고 생물다양성이 뛰어날 뿐만 아니라, 주요 희귀 야생동식물이 서식하고 있어 세계적으로 자연생태계의 보고로 인정을 받고 있고 경제적ㆍ학술적 가치에 있어서도 높은 평가를 받고 있는 곳이다. 현재 비무장지대 및 인접지역의 생물상은 식물 2,237종, 어류 106종, 양서ㆍ파충류 29종, 조류 201종, 포유류 52종을 차지한다. 이는 비무장지대 주변이 면적에 비해 가장 다양한 생물종을 가진 생물다양성의 보고임을 의미하는 것으로 비무장지대 내에는 더욱 다양한 동ㆍ식물이 존재하리라 예측된다.
국립수목원은 이러한 DMZ의 다양한 식물자원 중 특히, 북방계 지역의 식물자원을 수집·보전하고, 통일 후 북한지역의 산림생태계를 복원하기 위한 연구 그리고 동서 생태축을 연결하는 DMZ지역의 희귀, 특산식물을 보전하고자 강원도 양구군 해안면 만대리에 DMZ자생식물원을 조성하였다.
DMZ자생식물원은 크게 5개의 전시원으로 구성되었다. DMZ와 북방계식물 중 고산지역에서 서식하고 있는 식물을 보전하기 위한 ‘고산식물원’과 DMZ지역의 식물을 수집ㆍ보전하는 ‘DMZ보전원’, DMZ 서부평야지역의 습지, 임진강, 한강의 저층습지를 보전하기 위한 ‘저층습지원’, 대암산 용늪 등을 보전하기 위한 ‘고층습지원’, DMZ의 모습과 전쟁의 흔적 등을 전시하는 ‘DMZ기억의 숲’ 등으로 조성되었다.